Los intentos de reestructuración de la SEP datan del periodo 1976-1982 con la desconcentración educativa, en la que se planteó la reorganización administrativa como factor de equilibrio social y desarrollo político. En ese entonces, la política de desconcentración giraba en torno a la vinculación de la escuela y la comunidad y, por otro lado, a reducir el peso del centralismo en el desarrollo y operación del sistema educativo nacional.

En 1978 se puso en marcha la desconcentración administrativa y se establecieron las Delegaciones Generales en los estados, que coordinaban y operaban los servicios educativos federales.

En el periodo comprendido de 1982 a 1988 se dio mayor énfasis a la autonomía operativa de los estados y las Delegaciones se transformaron en Unidades de Servicios Educativos a Descentralizar (USED) y, posteriormente, en Servicios Coordinados de Educación Pública (SCEP).

En 1992, con la firma del Acuerdo Nacional para la Modernización de la Educación Básica y Normal (ANMEB), se dio respuesta a la necesidad de descentralizar atribuciones, transfiriendo la totalidad de los recursos humanos, financieros y materiales a los estados, para que éstos operaran los servicios en la educación básica y normal. En este proceso surge la figura del Enlace, cuya misión era establecer vínculos de comunicación entre la Secretaría de Educación Pública y las autoridades educativas estatales.

Una vez concluida la transferencia de los servicios, la Secretaría de Educación Pública requirió de una nueva estructura administrativa, que fortaleciera la comunicación entre las instancias participantes en el sistema educativo nacional; que procurara las condiciones necesarias para el cumplimiento de las funciones normativas y de rectoría de manera eficiente y con respeto a la soberanía de las entidades; y que contribuyera tanto al mejoramiento de la calidad como a la ampliación de la cobertura de los servicios educativos en el ámbito nacional.

Derivado de la expedición de la Ley General de Educación en 1993, se publica en 1994 el Reglamento Interior de la Secretaría de Educación Pública, en el cual, se establecen, por primera vez, las Representaciones de la SEP en las Entidades Federativas.

El 23 de junio de 1999 el Ejecutivo Federal emitió en el Diario Oficial de la Federación, modificaciones al Reglamento referido en sus artículos 13 y 14, precisa la vinculación formal de la SEP y los gobiernos estatales, a través de las Representaciones de la SEP, coordinadas por la unidad administrativa denominada: Coordinación General de Representaciones de la SEP en las Entidades Federativas (CGRSEPEF).

El 21 de enero del 2005, se publicó en el Diario Oficial de la Federación la actualización del Reglamento Interior de la SEP, en el cual en sus artículos 14 y 15 se cambian los nombres de la Coordinación General de Representaciones de la SEP en las Entidades Federativas y de las Representaciones de la SEP en las Entidades Federativas por Coordinación General de Oficinas de Servicios Federales de Apoyo a la Educación (CGOSFAE) y Oficinas de Servicios Federales de Apoyo a la Educación en los Estados de la República (OSFAE).

El 01 de Octubre del 2013, derivado de la publicación en el Diario Oficial de la Federación, del Decreto mediante el cual se reforman diversas disposiciones del Reglamento Interior de la Secretaría de Educación Pública, la nueva denominación de esta Unidad Administrativa fue Coordinación General de Delegaciones Federales de la Secretaría de Educación Pública (CGDFSEP) y Delegaciones Federales de la Secretaría de Educación Pública en los Estados de la República (DFSEP).

Y el 15 septiembre del 2020, se publicó en el Diario Oficial de la Federación la actualización del Reglamento Interior de la SEP, en el cual en sus artículos 35 y 36 se cambian los nombres de la Coordinación General de Delegaciones Federales de la Secretaría de Educación Pública (CGDFSEP) y de las Delegaciones Federales de la Secretaría de Educación Pública en los Estados de la República (DFSEP), por Coordinación General de Enlace Educativo (CGEE) y Oficinas de Enlace Educativo (OEE).